环境工程学科依托于化学与环境工程学院，于2009年被评为九江学院十一五重点学科。重点学科现有师资22人，其中教授3名，副教授15人；博士12人，硕士9人。本学科发展注重结合地域资源优势，在学校与江西省山江湖委办联合成立的鄱阳湖生态经济研究中心中有水环境研究室、环境规划与管理研究室等2个相关研究机构，以及校级科研机构——环境保护研究所。与江西省山江湖开发治理委员会办公室联合建立了“流域管理与生态保护”博士后科研工作站。

本学科现建有校分析测试中心（第二分析室）、环境监测实验室、环境微生物实验室、环境工程实验室等专业实验室，很好地满足了专业教学和科研需要。同时还为高级职称和具有博士学位教师配有专门科研实验室，支持教师开展科研活动。学院建立了九江市环境监测站、九江市环境科学研究所、九江赛得利化纤厂、九江市水文监测站、中科院南京地理与湖泊研究所鄱阳湖湖泊湿地观测研究站等5个校外实践基地，以及校内第一、第二污水处理厂等实习场所。

环境工程学科充分发挥学科交叉融合优势，开展科学研究，现主持在研或完成的项目30余项：国家自然科学基金1项，国家社科基金1项，科技部国际合作项目子课题1项，江西省教育厅科技落地计划1项，江西省科技支撑项目4项，江西省自然基金3项，江西省对外科技合作项目1项，江西省软科学项目1项，江西省社科基金2项，江西省政府项目投资评审中心重点招标项目1项，江西省教育厅科技项目5项，江西省高校人文社科1项。环境工程专业充分利用现有的科研平台，积极服务地方经济建设，目前在研或完成了江西省环保厅、都昌县、共青城市、湖口天赐化工等委托项目3项。

环境工程学科同时注重教学研究与改革，现主持在研或结题教改课题主要有：江西省教育科学规划课题5项、江西省教改项目7项；2009年《环境监测》课程被评为校级精品课程，进行重点建设。环境科学与工程教研室被评为2011-2012学年校优秀教研室。